Гипофиз образуется за счет двух закладок, объединяемых между собой. Одна из них (карман Ратке) является выростом (изгибом) стомодеумного углубление, выстланной эктодермой и расположенного снаружи от ротовой (глоточной) мембраны. Из него образуется аденогипофиз. Вторая закладка гипофиза образуется из дна воронки промежуточного мозга, из которого образуется нейрогипофиз. Видшнуровуючись, карман Ратке превращается в пузырек. Ее передняя стенка, интенсивно разрастаясь, дает начало паренхиме передней доли гипофиза, а задняя стенка, образует паренхиму промежуточной доли.
Щель, что их разделяет, и является остатком полости кармана Ратке, в зародыше человека она облитерируется и передняя доля соединяется со средней. С нейроглии дистального конца воронки промежуточного мозга образуется паренхима задней доли (нейрогипофиза). С проксимально расположенных частей воронки образуется гипофизарная ножка, соединяющая гипофиз с гипоталамусом.